離子對色譜的分離機理是吸附、分離的選擇性主要由流動相決定。該方法主要用于表面活性陰離子和陽離子以及金屬絡合物的分離。

樣品離子和固定相基團之間存在著相互作用，對于不同的樣品離子，這種作用的大小是不同的。因此在隨流動相通過色譜柱的過程中.作用力強的樣品離子保留時間要比作用力弱的離子長，經過一段時間后，就可以實現樣品的分離。

終，因為流動相陰離子的數量有優勢，所以樣品陰離子A、B都分流出色譜柱，對在不同時間流出色譜柱，對在不同時間流出色譜柱的樣品離子進行檢測，就可以知道樣品組分的種類與含量